Los laboratorios son espacios de 95 metros cuadrados cada uno, que buscan facilitar y apoyar el aprendizaje práctico de los alumnos en las asignaturas de Ciencias Naturales, Biología y Química. Cuentan con 6 mesones de trabajo, para 6 a 8 personas cada uno; pizarra interactiva para la presentación de material audiovisual; además de los equipamientos e insumos necesarios para poder abordar los contenidos y habilidades propias de cada asignatura.

Disponemos de la sala de Ciencias-Biología, que se ubica en el edificio de la Segunda Sección; y la sala de Ciencias-Química, que se ubica en el edificio de la Tercera Sección.